Le monastère a été fondé par le Морой Dias en 1280 pour les religieuses-клариссок. Le monastère a existé peu de temps, et en 1311, il a cessé d'exister. En 1316 par la femme du roi Диниша I, la reine Isabelle de Portugal, a restauré le monastère.

La reine Isabella Portugais appelaient encore «Sainte-reine» en raison de son exceptionnelle de piété et de droiture. La reine aussi été célèbre pour son bon caractère fondé des hôpitaux, des orphelinats et des écoles. Après la mort de son mari, le roi Диниша, elle se retira dans le monastère. Et en 1336, la reine mourut et fut enterré dans le monastère dans le tombeau, décorée dans le style gothique. En 1626, la reine Isabelle a été canonisée par sa charité et les bonnes œuvres.

Premier architecte du monastère a été Домингош Домингуес, connu pour son travail sur les galeries monastère d'Alcobaça. A poursuivi le travail de cet architecte Эштевао Домингуес, qui s'est rendu célèbre pour ses travaux sur l'galeries d'art de La cathédrale de Lisbonne. En 1330, a eu lieu la consécration du temple, et un peu plus tard, à la pointe sud de l'église a été construit le monastère. Le monastère est très souvent offert des dons en argent et des cadeaux. Au début du XVIE siècle, l'église a été décorée de séville de carrelage et disposent de nouveaux autels.

Comme le couvent et l'église ont été construits sur la rive gauche de la rivière Mondego, c'est par l'année de bâtiments ont été inondés sont sortis de rives de des eaux du fleuve. Et pendant plusieurs siècles, le monastère de затапливался de nombreuses fois. À cause des inondations fréquentes dans le monastère a été impossible de les trouver, et le roi Jean IV a ordonné de quitter le bâtiment et déménager dans un nouveau monastère le monastère de Santa Clara-a-Nova, construit sur une colline, non loin de l'ancien bâtiment. Le tombeau avec les cendres de la reine Isabelle et d'autres personnes royales été transférés dans le nouveau bâtiment.

Avec le temps, l'ancien monastère transformé en ruines. En 1910, le bâtiment a été inscrit sur la liste des monuments d'importance nationale, et certains travaux de reconstruction ont été menées dans la première moitié du XXE siècle.