L'architecture de la synagogue Ben Ezra n'est pas différent de la norme de l'architecture des églises coptes. C'est parce que le bâtiment est à l'origine et a été à l'église, mais à la fin du X siècle, le calife al-Hakim a fermé l'église. Plus tard, il a racheté le bâtiment de la communauté juive, qui, à l'époque était d'une grande partie de la société égyptienne. La synagogue a été nommé d'après le rabbin de Jérusalem, Abraham ben Ezra.

Célèbre synagogue le fait qu'au XIXE siècle, lors de la réparation, on a découvert un trésor avec des milliers de documents XI-XII siècles.
Récemment, la synagogue a été restauré.