Dans l'histoire du Japon était l'époque où les dirigeants ont favorisé la diffusion du christianisme, et des périodes où apporté de l'océan doctrine de la foi a été menée en disgrâce, et ses adeptes ont subi des persécutions terribles. Aux XVE et XVIE siècles, le christianisme se répandit rapidement sur les îles de l'archipel, mais à la fin du XVIE siècle, il s'est avéré en vertu de l'interdiction, et les habitants du Japon pratiqué en secret. Les habitants de Nagasaki ont été contraints de chaque année, de prouver qu'ils n'étaient pas chrétiens. Pour ce faire, ils ont proposé de fouler aux pieds l'image de Jésus-Christ et de la Mère de Dieu, et de ce rituel, ils devaient passer avant le milieu du XIXE siècle. En général, le christianisme a été interdit au Japon de près de deux siècles et demi, pendant ce temps, ont été exécutés, torturés ou expulsés du pays, des milliers de personnes, исповедовавших cette religion.

Le 5 février 1597, à Nagasaki ont été publiquement exécutés pour l'activité missionnaire de 26 personnes, dont 20 japonais, quatre hispanique, ainsi que le mexicain et indien. Sur l'ordre régnait alors shogun Hideyoshi Toyotomi arrêtés chrétiens torturés, puis conduit à Nagasaki et crucifié sur la croix, installés sur la colline de Нисидзака. Après la mort de morts martyrs de l'acier de lire comme des saints et de reconnaître en eux les différents actes merveilleux. Cent ans plus tard, après la canonisation, en 1962, sur la colline ont été ouverts monument et un musée. Le 6 février, l'Eglise Catholique au Japon célèbre le jour de leur mémoire.

Dans la collection du musée contient des documents historiques, apporté de l'Europe composés au Japon même, des œuvres d'art de l'époque des débuts du christianisme au Japon. L'exposition dans l'ordre chronologique à familiariser les visiteurs avec la période des débuts du christianisme, l'époque de la persécution des chrétiens et la vie secrète des catholiques dans la période de l'auto-isolement de l'etat.

À l'heure actuelle, le christianisme est la troisième des principales religions au Japon après le bouddhisme et le shintoïsme. Au début du XXIE siècle, il y avait environ 2, 5 millions de chrétiens, surtout catholiques.