L'église de Marie-Madeleine se trouve dans le quartier de Södermalm. L'histoire de l'église remonte à 1350 ans, quand le roi Magnus Eriksson, avec l'autorisation du pape Clément VI a construit ici une chapelle et a consacré sa de Marie Magdeleine. L'apparence de l'immeuble tant d'années de mal documenté, et seulement arrivant jusqu'à nos jours, gravure sur cuivre de dépeint la chapelle comme un petit bâtiment avec une grande tour couronnée par une flèche.

Au début des années 1520 années Gustav Vasa a Stockholm, et ses troupes, dirigée Педером Фредагом campé dans la chapelle, mais ils ont subi de lourdes pertes lorsque les danois, les troupes de Christian II de tomber sur eux depuis la ville. Cet événement, peut-être, et a été l'une des principales raisons pour lesquelles Gustav Vasa a détruit toutes les églises, monastères et chapelles qui entourent la ville, après l'introduction du protestantisme en 1527, y compris la chapelle Marie-Madeleine. Toutefois, son fils, le roi Jean III, a commencé la construction d'un nouveau temple sur l'emplacement d'une chapelle en 1588. Mais sa mort en 1592, interrompit les travaux de construction, et l'église est restée inachevée jusqu'à 1634.

Les architectes de Nicodème Tessin Aîné et le Tessin le Jeune entrepris la poursuite de la construction et ont construit une église dans le style baroque. Le clocher, était considéré comme la plus belle ville de Stockholm, a été détruite lors d'un incendie en 1759, qui a aussi détruit les 300 autres bâtiments dans le quartier. Charles Юхану Кронстедту a été chargé de restaurer l'église, et son projet a été achevé en 1763. Il a conservé une grande partie de la structure d'origine. La restauration de l'intérieur de l'église Marie-Madeleine a été réalisée en 1927, alors même ici a été installé et le premier organe, le second a été ajoutée en 1986.