Une ancienne légende raconte qu'en 1364 lituanien dignitaire nommé Гоштаутас, invité dans le pays 14 moines franciscains et le donna à leur maison afin qu'ils puissent s'installer dans le pays. Quand Гоштаутаса est parti, tous les moines ont été tués. Quelque temps plus tard, le haut dignitaire a invité les autres moines franciscains. De nouveaux moines, il le plaça dans un autre endroit, et qu'à la place de morts moines, il a construit une église, nommé en l'honneur de la sainte Croix.

En 1524, l'église a brûlé. En 1635, à cet endroit se sont installés les prêtres бонифратры. Ils ont commencé leurs activités à partir de ce qu'ils ont construit une nouvelle église de la sainte-Croix, fondé près le monastère du même nom, et ouvert sur le territoire du monastère de l'hôpital. Plus tard, l'hôpital transformé en refuge pour les malades mentaux. L'église Гоштаутаса était conduit sous monastique lieux. Psychiatrique de l'hôpital a fonctionné jusqu'en 1903, quand il a été traduit dans de nouveaux bâtiments construits spécialement pour la clinique psychiatrique.

En 1737, l'église a brûlé de nouveau. En 1748, l'église a été restaurée, a été entièrement rénovée de l'intérieur, ont été conçues de six autels, et a été installé костельная chaire, construite dans le style baroque. Ainsi, même dans le style baroque à la décoration de la façade et le bâtiment lui-même du monastère. Même si, après cette restauration à l'extérieur du bâtiment sont apparus et des éléments de style rococo. À l'intérieur du temple se dresse majestueusement au-dessus d'un grand espace de pierre, en forme de croix de l'arc. Intéressant de la combinaison d'éléments d'architecture baroque, le rococo et неорококо.

Sur le territoire du temple se trouve la source, qui est considéré comme une panacée. Les légendes disent que la source est apparu soudainement à côté de la statue de l'Immaculée Conception. C'est l'endroit où ont été torturés убиенные les moines franciscains. Disent, ce qui est particulièrement bénéfique de l'eau de cette source sur des patients souffrant de maladies oculaires.

Dans l'église il y a et l'image miraculeuse de la croix, qui est monté au-dessus de l'autel principal. En dessous de la croix est une image de la Bienheureuse vierge Marie avec l'enfant. Vraisemblablement, la peinture est écrit au 17ème siècle, mais доподлинное l'origine de l'oeuvre inconnue. Elle est également classée à la miraculeuse créations. Une copie de l'icône miraculeuse de la peinture de la Bienheureuse vierge Marie avec l'enfant, sous forme de fresques, on peut voir sur la façade principale de l'Église. Il est voûté sous le fronton, datant de 1737, entre les deux tours latérales de l'église.

Entre 1914 et 1924 ans dans le temple ont eu lieu un service spécial pour les élèves des écoles du pays. Dans une période où Vilnius a été occupée par la Pologne, dans le temple n'ont pas été le service de la langue lituanienne.En 1843, l'Ordre бонифратров a été aboli, et sur le site du monastère il reste seulement à leur représentation. En 1909, l'église a été rénovée avec. À la fin de la Première guerre mondiale, en 1924, l'évêque de Юргис Матулайтис invité бонифратров revenir au monastère de la sainte Croix. Le retour des moines dans le monastère a été très arrive à point nommé. Ils ont réparé l'église, воздвигнув dans ses six autels. Aussi ils ont manifesté lors de la saint monastère de refuge pour les personnes âgées et gratuitement la salle à manger pour le besoin de "Caritas".

Au début de la Seconde guerre mondiale, les frères de Вильны ont été retirées de l'ordre бонифратров. En 1947, le monastère accueille les sœurs de la congrégation «de l'Immaculée Conception de la Bienheureuse Vierge Marie». Cependant, ils dominaient ici peu de temps. Les autorités soviétiques ont fermé en 1949, le monastère et le temple. Dans les bâtiments du monastère étaient situés les appartements résidentiels.

En 1976, le temple a été restauré et mis en scène en elle de la salle de concert De la philharmonie, le soi-disant «Petite salle baroque». Ici, on organisait des concerts d'orgue.

Вильнюсское archevêché a reçu en retour de leur construction est seulement après le changement de régime en 1990. Le temple et les bâtiments du monastère ont été récupérés, lavés et remis à nouveau les religieuses de la congrégation de sœurs de l'Immaculée Conception de la Bienheureuse Vierge Marie».