Selon les travaux de yaroslavl historiens Athanase le monastère a été fondé après 1612, quand à côté de l'église d'Athanase et Cyrille, dans la chapelle de est passé trouver de l'icône miraculeuse de saint-Sauveur sainte face. Mais il existe des preuves documentaires que ce monastère existait déjà dans le 16ème siècle, En 1615, Gabriel Мякушкин, au maire, s'est adressé au métropolite rostovsky Cyrille demandant de bénir la fondation du monastère à l'endroit sacré.

Il existe des documentaires, des informations sur ce qu'Athanase le monastère a été piloté par игуменами. Dans les premières années de son existence, il a déjà reçu de propriété et les privilèges de diplômes praticables Mikhaïl Fiodorovitch. Dans la première alphabétisation, datant de 1619,, disait qu'Athanase le monastère est libéré de la ruga monétaire et de pain, à la bougie, sur le vin, sur l'encens. Aussi, le monastère se place sous le moulin sur le Romanov et de Yaroslavl côté. Avec de la forêt et du bois, qui monastère de vaise de la Volga, Мологе et Sheksna pour du monastère ménage et la taxe de la route. Le monastère est également libéré de la trente et unième session, le gouverneur, les boyards, les princes et les ратных gens.

Les premiers bâtiments du monastère ont été en bois, dans le 17ème siècle, la demeure à plusieurs reprises сгорала lors d'incendies. Ainsi, en 1658, le monastère entièrement brûlé. La première pierre de l'église du monastère en l'honneur d'Athanase et Cyrille a été construit en 1664, avec la bénédiction du métropolite de rostov Ions Сысоевича. Lorsque la construction de l'église a été décorée de fresques peintes par moscou par des artisans. En cas d'incendie 1670, le monastère est de nouveau blessé. En 1676, à la place de la cathédrale à l'église du nord a été construit le temple d'hiver avec un clocher, qui a été consacrée en l'honneur du métropolite de Moscou Alexis ii. En 1736, à la demande de l'higoumène du monastère des Ions et sur le décret de l'archevêque de Jojakim à Афанасьевскому monastère ont attribué la chapelle, пристроенную à Znamenskaia ou Власьевской la tour, qui était à la porte d'entrée dans la Terre de la ville. Aujourd'hui, elle est connue sous le nom de Znamenskaia de l'église.

Athanase monastère significative n'a jamais été ni dans la richesse de ses possessions, ni par le nombre de moines: en 1717, il a vécu seulement sept moines oui un белец; le personnel n'a pas augmenté selon 1802, le Territoire du monastère a été un tout petit, elle est limitée en pierre par un mur bas, avec seulement de l'orient et du nord-est. Par les autres parties en tant que la clôture se produisaient les dpendances обывательских maisons, ainsi que la cathédrale de La transfiguration-Пробоинская l'église.

Heure de l'est, la façade principale du monastère, qui sortait sur Пробойную la rue, dans le 18ème siècle, construit les deux tours en pierre de petite taille, l'un d'eux jouait le rôle des Saints de la porte, dans l'autre se trouvait une chapelle en l'honneur d'un événement important − le recouvrement ici de l'icône miraculeuse. Les tours se sont soldées par des flèches avec des figures трубящих anges.

Le 25 juin 1768, dans le centre de Yaroslavl une fois de cessez-le-feu. Dans la liste des dommages contient, en effet, la première description de bâtiments Афанасьевского du monastère. Lors de la conduite de travaux de réhabilitation a été mis à jour peinture du temple d'Athanase et Cyrille, l'original de la iconostase en pierre ont remplacé sur le sol en bois.

En 1820-1830, dans la demeure de grande envergure ont été menées à travailler sur son embellissement: ont été érigés à deux étages en pierre настоятельские appartements avec de réfectoire; ont été organisées deux frères de cellules; pour l'église, Athanase et Cyrille en 1825, le bourgeois Constantin Требников a fabriqué son argent à une nouvelle iconostase, Alexandre Чарышников de Iaroslavl позолотил; en 1831 chaud temple décoré de la peinture, de la peinture a effectué Timothée Medvedev. Dans le même temps, a été reconstruite de plain clocher au-dessus de la папертью l'église, le monastère de упраздненного Borisoglebsky de la paroisse a été transmis 115-пудовый cloche. Le clocher du monastère étaient sept cloches.

La prochaine перестройкам Athanase le monastère fut, au tournant des 19ème et 20ème siècles: en 1897, ont été construits en pierre de la cave, каретная, une grange, un bain à vapeur, d'une écurie; en 1903 et 1907 ont été effectués les travaux de rénovation de l'église collégiale sur les fonds alloués par le F. est-à-dire Вахрамеевым; en 1912, a été поновлена de peintures murales du peintre et restaurateur de M. Gi Дикаревым sur le don de A. Et Вахромеева.

En 1764 par ordre de l'impératrice Catherine II Афанасьевскую la demeure a été заштатным. Le 12 décembre 1857, Афанасьевская la demeure a été construite dans le degré de третьеклассной, a priori lui ont eu depuis ce temps-san archimandrites. À partir de 1895, Athanase, le monastère a reçu le statut de résidence викарного de l'évêque du diocèse de yaroslavl.

Après la révolution, lors de la Афанасьевском monastère a été créé par la communauté paroissiale. En février 1925, le monastère a été fermé une partie de ses biens a été transférée à l'eglise du Sauveur sur la Ville et d'autres temples. Dans les années 1930 par la décision des autorités de la ville le clocher a été démantelé, et dans l'église d'Athanase et Cyrille de moscou et d'autres bâtiments monastiques abrite une organisation, ateliers de production, fraternel boîtier a été utilisé dans le cadre du logement.

En novembre 2007, le temple de l'enceinte et les tours des Saints des portes transféré à l'église Orthodoxe Russe. Quand Son seminary a déménagé dans des maisons de la propriété Вахромеева par ordre de mgr Cyrille, le cloître, l'église est devenue семинарским. Le 31 janvier 2008, dans le bas-Alexis a été commise la première messe.