Université de zagreb est la plus vieille non seulement sur le territoire de la Croatie, mais aussi dans le Sud-est de l'Europe. La date officielle de la fondation est de 23 septembre 1669, lorsque l'empereur romain et hongro-croate le roi Léopold ier a promulgué une loi qui reconnaît les privilèges et le statut universitaire des établissements d'enseignement de l'ancien collège de l'académie, qui a agi sur le territoire de la ville royale libre de Zagreb, la capitale de l'ancien Royaume de Croatie et de Slavonie. Cette date est le début de l'histoire de l'université de Zagreb dans sa lutte pour la mise en œuvre de reçus de droits et d'obtenir une place digne parmi réputés de et représentatifs des universités et des académies d'Europe Centrale.

Histoire de l'université de Zagreb dans sa forme moderne commence avec l'initiative джяковского de l'évêque et un croate mécène Josip Juraj Штроссмайера, quand il en 1861, a proposé d'organiser à l'université de quatre facultés: la faculté de théologique, philosophique et juridique. Cette offre a été considérée pendant plusieurs années, et en 1874, le parlement croate a adopté cette initiative et a émis un décret «Sur l'université». La même année, l'université a changé de nom et devint connu sous le nom Moderne de l'université de Zagreb.

Depuis les années 1990, l'université a été obtenue d'une grande autonomie, dans le même temps a commencé l'adhésion au processus de Bologne.