L'histoire du musée d'Aquitaine à Bordeaux prend le compte à rebours dans la seconde moitié du XVIIIE siècle – à partir de ce moment, comme l'Académie de Bordeaux a été fondé le musée de la sculpture en pierre, dans lequel se trouvaient les restes de l'héritage romain. Ces artefacts ont été trouvés au cours des travaux de terrassement dans la ville, qui ont été organisés périodiquement entre le XVIE et le XVIIIE siècle.

En 1963, l'institution a été renommé dans le musée de l'histoire, de l'archéologie et de l'ethnographie, et est devenu connu sous le nom de «musée d'Aquitaine». En 1987, le musée a déménagé dans le bâtiment de l'ancienne à la faculté des arts et des sciences, qui a été construit à la fin du XIXE siècle sur l'emplacement d'un monastère, connu comme le lieu de sépulture de l'écrivain et philosophe Michel de Montaigne. Le musée d'Aquitaine est situé à proximité de la cathédrale Saint-André.

En 2009, dans le musée ont été ouverts à de nouvelles salles consacrées à un sujet aussi complexe dans l'histoire coloniale de la France, comme l'esclavage et la traite des êtres humains. Bordeaux était la deuxième après le port de Nantes, en Europe arrivaient noirs esclaves. Seulement au travers de Bordeaux a été remis à près de 130 milliers d'esclaves. Le musée présente des documents et autres expositions sur les conditions de vie et de travail des esclaves, la répression des révoltes et des pousses.

Actuellement, la superficie du musée est de plus de 5000 mètres carrés, et la collection d'objets emploie environ 70 millions d'unités de stockage. Tous ces objets, de documents, œuvres d'art représentent l'histoire de l'Aquitaine et de sa principale ville de Bordeaux. Les premières expositions de cette collection datent de l'époque préhistorique, la plupart des pièces sont les témoignages de différents âges – romaines, des premières, du moyen-âge. Également dans le musée on peut voir une exposition sur l'histoire maritime de Bordeaux, l'art des peuples d'Afrique et d'Océanie.