L'église de San Sebastian se trouve au sommet d'une colline, à proximité du marché aux poissons, dans la partie nord de la vieille ville de Lagos. À partir de ce lieu offre une vue panoramique sur la baie. L'église est considérée comme l'une des plus anciennes et belles églises de la ville.

Avant que l'église a été construite à cet endroit 1325, se trouvait la chapelle de l'Immaculée Conception de la Bienheureuse Vierge Marie. En 1463, l'évêque de Жуао de Mello, où il a contribué à cet endroit une église a été construite. En 1490, sur ordre du roi de Portugal, don Жуао II, ont de nouveau été menées travaux de reconstruction, et l'église a été agrandie. Après cela, l'église a été consacrée comme l'église de San-Sebastian (église saint-Sébastien). Malheureusement, comme cela s'est produit avec de nombreux bâtiments historiques, le Portugal, l'église a été presque entièrement détruit lors d'un tremblement de terre de Lisbonne en 1755. L'église a été restauré, et deux siècles plus tard, l'église a été détruite de nouveau par le tremblement de terre qui a eu lieu en 1969. Avec le temps, l'église a été restaurée.

À l'intérieur de l'église à trois nefs, qui a divisé les colonnes doriques. L'original du maître-autel de l'église date du XVIE siècle. L'autel se compose de quatre panneaux. On suppose que ces panneaux sont créés, l'un des artistes les plus célèbres de l'Algarve, au XVIE siècle, Alvaro Диашем. L'église possède un vieux plan de la ville. En 1828, à l'église a été construite la tour de la cloche.

En 1924, l'église de San Sebastian a été inscrite sur la liste des monuments d'importance nationale.